Помимо основной премии, на фестивале «Аэлита» вручаются следующие премии:

Премия им. И. Ефремова за выдающуюся редакторскую, организаторскую и просветительскую работу в области фантастики (вручается с 1987 года)

Премия «Старт» за лучшую дебютную книгу (вручается с 1989 года)

Премия им. В. Бугрова за выдающуюся редакторскую, библиографическую, литературоведческую, критическую и составительскую работу в области фантастики (вручается с 1997 года)

«Орден рыцарей фантастики» им. И. Халымбаджи за выдающийся вклад в развитие отечественного фэндома (вручается с 2002 года)

«The Great Master of SC-FI & Fantasy» отмечается выдающийся вклад иностранных авторов, редакторов или издателей в развитие мировой фантастики (вручается с 2004 года)

Премия победителя Конкурса Короткого Рассказа- вручается одному из участников Семинара Молодых Авторов (с 2005 года)

Список лауреатов
2011 — Г.Л.Олди (Олег Ладыженский и Дмитрий Громов) и Евгений Войскунский за вклад в фантастику
2010 — Андрей Лазарчук за вклад в фантастику
2009 — Владимир Васильев за вклад в фантастику
2008 — Святослав Логинов за вклад в фантастику
2007 — не присуждалась
2006 — Александр Громов за вклад в фантастику
2005 — Мария Семёнова за вклад в фантастику
2004 — Василий Головачёв за вклад в фантастику
2003 — Владимир Савченко за вклад в фантастику
2002 — Евгений Лукин за вклад в фантастику
2001 — Марина и Сергей Дяченко за вклад в фантастику
2000 — Вадим Шефнер за вклад в фантастику
1999 — Сергей Лукьяненко за вклад в фантастику
1998 — Евгений Гуляковский как пионер космического боевика в советской фантастике
1997 — Кир Булычёв за вклад в фантастику
1996 — премия не присуждалась
1995 — премия не присуждалась
1994 — Геннадий Прашкевич за серию повестей «Шпион»
1993 — Василий Звягинцев за роман «Одиссей покидает Итаку»
1992 — Сергей Другаль за сборник «Василиск»
1991 — Владимир Михайлов за трилогию «Капитан Ульдемир»
1990 — Олег Корабельников за сборник «К востоку от полночи»
1989 — Север Гансовский за сборник «Инстинкт?»
1988 — Виктор Колупаев за сборник «Весна света»
1987 — Ольга Ларионова за повесть «Соната моря»
1986 — премия не присуждалась
1985 — Сергей Павлов за дилогию «Лунная радуга»
1984 — Сергей Снегов за трилогию «Люди как боги»
1983 — Владислав Крапивин за повесть «Дети синего фламинго»
1982 — Зиновий Юрьев за роман «Дарю вам память»
1981 — Аркадий и Борис Стругацкие за роман «Жук в муравейнике» и Александр Казанцев за вклад в фантастику